Ý niệm về Đông Nam Á như một khu vực riêng biệt đã có từ lâu. Song cùng với thời gian, khái niệm này ngày càng được hiểu một cách đầy đủ và chính xác hơn. Người Trung Quốc xưa kia thường dùng từ "Nam Dương" để chỉ những nước nằm trong vùng biển phía nam. Người Nhật gọi vùng này là "NanYo". Người Ả Rập xưa gọi vùng này là "Qumr", rồi lại gọi là "Waq - Waq" và sau này chỉ gọi là "Zabag". Còn người Ấn Độ từ xưa vẫn gọi vùng này là "Suvarnabhumi" (đất vàng) hay "Suvarnadvipa" (đảo vàng). Tuy nhiên đối với các lái buôn thời bấy giờ, Đông Nam Á được nhìn nhận là một vùng thần bí, nơi sản xuất hương liệu gia vị và những sản phẩm kì lạ khác, còn sinh sống ở đây là những con người thành thạo và can đảm.

Tên gọi "Đông Nam Á" được các nhà nghiên cứu chính trị và quân sự của Hà Lan, Anh, Mỹ đưa ra từ những năm đầu khi nổ ra Chiến tranh thế giới thứ hai, nhưng chính thức đi vào lịch sử với ý nghĩa là một khu vực địa - chính trị, và quân sự được bắt đầu từ khi Tổng thống Mỹ Franklin D. Roosevelt và Thủ tướng Anh Winston Churchill tại Hội nghị Québec lần thứ nhất vào tháng 8 năm 1943 nhất trí thành lập Bộ chỉ huy tối cao quân Đồng Minh ở Đông Nam Á. Trước đó, để chỉ khu vực này, người ta đã dùng nhiều tên gọi khác nhau cho những mục đích riêng biệt.

Lúc bấy giờ cũng có sự khác nhau về cách viết từ Đông Nam Á bằng tiếng Anh. Một số nhà nghiên cứu như Victor Purcell, E.G.H. Dobby, dùng từ Southeast thay cho South East hay South-East, vốn được dùng từ lâu. Bộ tư lệnh tối cao Đông Nam Á (SEAC) vẫn dùng từ Southeast [cần dẫn nguồn]. Như thế có thể thấy rằng từ sau Chiến tranh thế giới thứ hai, từ "Đông Nam Á" mới xuất hiện trên bản đồ chính trị thế giới như một khu vực riêng biệt và có tầm quan trọng đặc biệt. Song nếu như trước đây, người ta mới chỉ nhìn thấy tính khu vực Đông Nam Á thể hiện ở vị trí địa lý - chính trị và quân sự của nó thì đến nay nhiều người đã khẳng định rằng ít nhất cho đến thế kỷ XVI, Đông Nam Á đã nổi lên như một trong những trung tâm văn minh, một khu vực địa lý - lịch sử - văn hóa trước khi trở thành một khu vực địa lý - chính trị.